堿性磷酸酶可與抗體和其他蛋白質偶聯，用于ELISA、蛋白質免疫印跡和組織化學檢測。 它通常用于蛋白質（如酪蛋白）和核酸的去磷酸化。 當需要高靈敏度時，它可用于蛋白質標記。 堿性磷酸酶也可用于使DNA或RNA的5′-末端去磷酸化，從而防止自身連接。經堿性磷酸酶的去磷酸化作用后，DNA或RNA還可被放射性標記磷酸鹽標記（通過T4多核苷酸激酶）。

堿性磷酸酶可用于酪蛋白和其他蛋白質的去磷酸化。堿性磷酸酶還可用于 DNA 或 RNA 的 5′-末端的去磷酸化，以防止自我連接。