胃蛋白酶原（pepsinogen），由泌酸腺的主細胞合成，在胃腔內經鹽酸(HCL)或已有活性的胃蛋白酶(pepsin)作用變成胃蛋白酶，將蛋白質分解成膘、胨及少量多肽。該酶作用的適用pH為2，進入小腸后，酶活性喪失。

胃蛋白酶原是胃蛋白酶的前體，根據其生化性質和免疫原性將其分成2個亞群，組分6和7被稱為胃蛋白酶原II，除由胃底腺的主細胞和黏液頸細胞分泌外，賁門腺和胃竇的幽門腺的黏液頸細胞以及十二指腸上段也能產生胃蛋白酶原II。

血清胃蛋白酶原水平反映了不同部位胃粘膜的形態和功能：PGII與胃底粘膜病變的相關性較大（相對于胃竇粘膜），其升高與胃底腺管萎縮、胃上皮化生或假幽門腺化生、異型增值有關；PGI/II比值進行性降低與胃粘膜萎縮進展相關。因此，聯合測定PGI和PGII比值可起到胃底腺粘膜“血清學活檢”的作用。